Jeder Dünndarmabschnitt übernimmt bei der Verdauung und Nährstoffaufnahme eine bestimmte Funktion. Werden bei einer Darmoperation Teile des Darms entfernt, können individuelle Beschwerden und Symptome auftreten. Die häufigsten Symptome beim Kurzdarmsyndroms sind Durchfall, Blähungen, Bauchkrämpfe, Nährstoffmangel, starker Gewichtsverlust und Abgeschlagenheit.
Damit die Verdauung reibungslos funktioniert, benötigt ein gesunder Erwachsener ungefähr vier Meter Dünndarm. Durch einen verkürzten Darm und den damit verbundenen Nährstoffmangel können unterschiedliche Beschwerden hervorgerufen werden. Die Anzeichen bzw. das Ausmaß der Beschwerden können von verschiedenen Gründen abhängen, wie beispielsweise der Funktionsfähigkeit des restlichen Dünndarms und der Verdauungsorgane (Bauchspeicheldrüse, Magen, Leber) sowie der Länge und Position des verbliebenen Dünndarmteils. Zudem können auch die ventilartigen Klappen zwischen Dünndarm und Dickdarm (Ileozökalklappe) oder die abgestimmten Vorgänge im verbleibenden Dünndarm Faktoren bei der Krankheitsentwicklung sein.
Durch den verkürzten Darm und Nährstoffmangel können auch andere Organe Beschwerden verursachen. Häufig kann es zu massiven Durchfällen mit starker Geruchsbildung und Flüssigkeitsverlust kommen. Durch die gestörte Verdauung können starker Gewichtsverlust, Mangelernährung, Bauchkrämpfe und Blähungen auftreten. Der Mangel an Vitaminen kann zu trockener Haut, Knochenerkrankungen, Depression und Apathie führen, begleitet von schlechter Wundheilung, vorzeitigen Alterserscheinungen sowie einem schlechten Allgemeinzustand. Zahlreiche Beschwerden können auch im Zuge der künstlichen (parenteralen) Ernährung entstehen, da der Verdauungstrakt in diesem Fall weitgehend umgangen wird und sämtliche Nährstoffe intravenös verabreicht werden müssen.